大学教育资助委员会，简称教资会，其秘书处是较小规模的政府部门，共有员工约一百四十人，公务员占大多数。秘书处在部门首长(秘书长)的带领下，在政策及行政上协助教资会就香港高等教育的发展及拨款事宜上向政府提供意见。具体地说，本处为教资会提供支援，以考虑一系列事宜，其中包括：教资会资助大学的经常补助金及学生人数；教与学质素；研究事宜；院校国际化；及大学基本工程计划等项目。秘书处亦协助教资会监察大学的表现，以确保其具效率和合乎成本效益。
此外，本处亦提供行政支援予研究资助局，简称研资局，和质素保证局，简称质保局。两局同为教资会辖下的半独立组织。研资局会透过教资会，向政府就香港高等教育机构在学术研究上的需要，以及有关拨款给受教资会资助院校，为学者提供资源进行研究的事宜上给予意见。质保局则协助教资会，确保由其资助院校提供的学士及深造学位课程（不论是否受教资会资助）的质素。
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