大學教育資助委員會，簡稱教資會，其秘書處是較小規模的政府部門，共有員工約一百四十人，公務員佔大多數。秘書處在部門首長(秘書長)的帶領下，在政策及行政上協助教資會就香港高等教育的發展及撥款事宜上向政府提供意見。具體地說，本處為教資會提供支援，以考慮一系列事宜，其中包括：教資會資助大學的經常補助金及學生人數；教與學質素；研究事宜；院校國際化；及大學基本工程計劃等項目。秘書處亦協助教資會監察大學的表現，以確保其具效率和合乎成本效益。
此外，本處亦提供行政支援予研究資助局，簡稱研資局，和質素保證局，簡稱質保局。兩局同為教資會轄下的半獨立組織。研資局會透過教資會，向政府就香港高等教育機構在學術研究上的需要，以及有關撥款給受教資會資助院校，為學者提供資源進行研究的事宜上給予意見。質保局則協助教資會，確保由其資助院校提供的學士及深造學位課程（不論是否受教資會資助）的質素。
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